Não. O App-V pode fornecer os arquivos do aplicativo em uma mansão ofuscada, mas não impedirá que alguém que saiba o que está fazendo copie esses arquivos. Eu executo o App-V extensivamente em nosso ambiente e teria pouca dificuldade em extrair todos os arquivos originais de uma fonte do App-V.
Dito isso, o MS pode estender o App-V, talvez emparelhando-o com o ADRMS, para criar uma solução como está sugerindo. No entanto, a funcionalidade não está presente no momento.