Eu recomendaria o Unison, que pode sincronizar entre unix e windows. Ele é construído sobre a mesma tecnologia do rsync, mas é muito mais fácil de configurar:
link
Suporta listas de exclusão / inclusão, sincronizações remotas ou locais, modo sem exclusão e muitas outras opções comuns. Ele pode se recuperar de uma sincronização parcial devido a uma conexão ruim ou qualquer outra coisa facilmente.
Você pode executá-lo de forma interativa ou em lote usando o cron.