Aqui estão algumas razões: eu recomendo o boot do EBS para pessoas que estão apenas começando com o EC2:
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Se o hardware da instância falhar, o volume do EBS permanecerá acessível.
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As instâncias de inicialização do EBS podem ser interrompidas e reiniciadas à vontade.
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Quando algo dá errado com uma instância de inicialização do EBS para que você não possa se conectar, ainda é possível visualizar e modificar ou corrigir o volume raiz do EBS.
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As instâncias de inicialização do EBS podem ser executadas com um disco raiz maior que 10 GB.
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É possível aumentar o tamanho do disco raiz de uma instância de inicialização do EBS.
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É possível alterar o tipo de instância de uma instância de inicialização do EBS.
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Você pode substituir facilmente o hardware de uma instância de inicialização do EBS.
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As AMIs de inicialização do EBS são mais simples e mais rápidas de criar do que as AMIs de armazenamento de instância.
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A Amazon declarou que as AMIs de inicialização do EBS são inicializadas mais rapidamente do que as AMIs de armazenamento de instância
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O tipo de instância t1.micro suporta apenas instâncias de inicialização do EBS.
Entro em mais detalhes e forneço links para explicações detalhadas sobre muitos desses pontos neste artigo:
You Should Use EBS Boot Instances on Amazon EC2
http://alestic.com/2012/01/ec2-ebs-boot-recommended
Existem algumas razões válidas para usar o instance-store, mas você precisa entender o que está desistindo e como compensar os riscos adicionados.
Nota: Na sua pergunta, parece que você acredita que um disco de inicialização do EBS sobrevive a uma instância sendo deliberadamente finalizada. Por padrão, isso não é verdade e, se você encerrar uma instância de inicialização do EBS, o disco raiz será excluído. Você pode alterar esse padrão para que o disco de inicialização do EBS seja preservado na finalização, mas é necessária uma escolha ativa. Eu escrevo sobre isso neste artigo:
Three Ways to Protect EC2 Instances from Accidental Termination and Loss of Data
http://alestic.com/2010/01/ec2-instance-locking