A primeira melhor prática é nunca colocar todos os seus dados em um único disco rígido, a menos que os dados não sejam muito importantes. O RAID (baseado em software ou hardware) é muito necessário.
Como organizar dados para tornar o gerenciamento de permissões, etc. depende do que de dados você tem que organizar, com certeza, mas a abordagem que adotamos é ter ações de departamento com as permissões do grupo controlando o acesso e uma participação de um único usuário com pastas dentro de cada usuário para armazenar seus documentos pessoais. As pastas pessoais do usuário no compartilhamento de usuário são configuradas para serem acessadas apenas por elas ... até que sejam finalizadas. Nesse caso, o gerente recebe acesso temporário antes que o diretório seja excluído. No Windows, esse arquivo pessoal é configurado como uma unidade de rede mapeada. no Linux, usamos um compartilhamento NFS no mesmo cenário, mas o transformamos em seu diretório inicial.