O propósito dos comandos que você menciona é unicamente para economizar espaço em disco. Além disso, na maioria das máquinas, hoje em dia, a economia representa apenas uma pequena fração do seu espaço em disco. Então eles não são muito úteis.
As tarefas de manutenção mais comuns são executadas automaticamente pelo sistema. Se você está curioso sobre eles, os scripts que os executam estão em /etc/cron.*
. O nome ou conteúdo do script pode lhe dar uma pista do que eles fazem. Não mude nada que você não entende - esses comandos estão lá por um motivo.
Uma tarefa de manutenção que não é feita automaticamente é a instalação de atualizações de segurança e estabilidade (grandes correções de erros). Por padrão, você receberá uma notificação de que as atualizações estão disponíveis. Você deve seguir a notificação na primeira oportunidade. Isso não é feito automaticamente caso as atualizações cheguem em um momento inconveniente, como quando você está em um acesso pago à Internet ou precisa desligar seu computador agora; também porque há um risco (muito pequeno) de que as atualizações quebrem alguma coisa e é melhor não fazê-lo sozinho.
Atualizações são a única tarefa de manutenção que eu disparo manualmente. Se eu tivesse que fazer qualquer outra coisa, eu consideraria um bug. Se tiver que ser feito, deve ser automatizado.