Eu recomendo o novo método de instalação.
Como a VM consiste em apenas alguns arquivos, é fácil tratá-la como um disco de compartilhamento de arquivos, em oposição a um disco de programa com dependências desconhecidas. O ESXi é bastante fácil de instalar e você deve ser totalmente atualizado em 1-2 horas.
Faça backup dos arquivos, reinstale a versão mais recente do ESXi e copie os arquivos de volta.