AD, por uma grande margem
Dito isso, o AD implementa o LDAP (como um de seus muitos componentes), portanto, tecnicamente o LDAP é mais comum, já que toda implantação do AD e a maioria das outras alternativas não-AD o implementam.
O LDAP em si é apenas um pequeno componente dos principais recursos do Active Directory. A principal vantagem para as empresas é a Diretiva de Grupo - A capacidade de controlar a experiência do usuário final e bloquear vários aspectos das estações de trabalho do cliente Windows. Quase certamente o aspecto mais poderoso da AD que não é implementado em tal nível em nenhuma alternativa.