Eu acho que (97% de certeza) você está se referindo a esta caixa de mensagem.
Para desativá-lo, abra um terminal e execute o comando abaixo. (Em seguida, efetue logout e login novamente para ver que essa caixa de mensagem irritante não aparece mais.)
gsettings set com.ubuntu.update-notifier auto-launch false
O Ubuntu (embora não o Xubuntu) também fornece uma maneira gráfica gráfica para fazer isso:
Vá para System Settings
- > Details
- > Removable Media
- > Software
e selecione Não faça nada .