Em um sistema Linux (ou qualquer Unix), o usuário root tem o poder final de fazer qualquer coisa. Não há como limitar a capacidade do usuário root de visualizar, modificar e executar qualquer arquivo ou pasta. Este é mais ou menos o ponto do usuário root.
Se você quiser proteger esta pasta / arquivo, a única coisa que posso sugerir é criptografá-la. Truecrypt é uma opção . Apenas tenha em mente que isso não impedirá que o arquivo seja movido ou excluído se o usuário desejar.
O Ubuntu desde o 8.10 também oferece para criptografar o diretório home completo de um usuário ou uma pasta privada. Para mais informações, consulte aqui