Não sei o que dizer, principalmente porque é difícil ver exatamente o que você está perguntando.
Se a sua organização criar nomes de usuário 'duplicados' em diferentes contextos / UOs, o que certamente é permitido no AD, qualquer código que você escrever terá que suportar o trabalho com nomes de usuário em contextos diferentes.
Se essa é uma boa ideia ou "correta" ou não, é uma questão para a sua organização decidir internamente.