Tenho certeza de que a diretiva Include
lê arquivos do diretório conf.d em ordem alfabética. Se você puder criar uma convenção de nomenclatura para os arquivos que garantem a ordem desejada, você pode adicionar NameVirtualHost *
a um único arquivo: talvez algo como '__NameVirtualHost.conf' ou algo assim. Isso permitiria que você removesse qualquer arquivo VirtualHost individual sem afetar os outros conforme desejado.
Você poderia provavelmente também ajustar sua geração de arquivos para gerar um único arquivo em vez de vários arquivos (afinal, eles poderiam ser concatenados juntos para funcionalidade equivalente). Assumindo que quando um host virtual é excluído, ele está sendo excluído na origem e o conjunto de arquivos é regenerado?