Para responder à sua pergunta, você pode tentar esta opção apt:
sudo apt-get -o Acquire::CompressionTypes::Order::=bz2 update
Veja a página man para o apt.conf.
Mas tenho certeza que seu problema vem do próprio repositório.
A pasta dists dos repositórios do Ubuntu contém os arquivos Packages, Packages.gz e Packages.bz2. Destes, o apt-get usa um deles durante uma atualização. Onde posso configurar o apt para escolher um arquivo de tipo de compactação específico em vez de outros.
Estou em uma universidade usando um espelho interno e, por algum motivo, um dos arquivos está fornecendo Hash mismatch error . Eu acho que se eu usar o bz2 em vez do gzip, talvez eu possa passar pelo arquivo errado. Meu apt-get update sempre tenta buscar arquivos .gz e falha em um deles.
Para responder à sua pergunta, você pode tentar esta opção apt:
sudo apt-get -o Acquire::CompressionTypes::Order::=bz2 update
Veja a página man para o apt.conf.
Mas tenho certeza que seu problema vem do próprio repositório.