Eu estou supondo que isso está relacionado a uma pergunta anterior?
Ubuntu - processo de execução do usuário não-root na cadeia chroot?
Para executar o Tomcat como root ... *
Supondo que você tenha instalado o pacote tomcat6 do repositório do Ubuntu, edite o arquivo /etc/init.d/tomcat6 e altere a linha:
TOMCAT6_USER=tomcat6
para ler
TOMCAT6_USER=root
Dito isto ...
A execução do Tomcat como root não é recomendada em ambientes em que ele é acessível a clientes não confiáveis (por exemplo, a Internet). O problema é se o Tomcat ou um de seus aplicativos da Web executados nele forem explorados de alguma maneira que tenham acesso total ao sistema subjacente. por exemplo. Eles podem modificar arquivos, executar processos, etc.
Se as chances de isso forem pequenas, é melhor planejar o pior e esperar o melhor.
Uma abordagem mais segura é continuar executando o Tomcat como o usuário padrão do tomcat6 e fazer com que ele chame o processo externo e de raiz de maneira mais isolada. Como você faz isso depende do processo que está sendo chamado e do que precisa ocorrer.
Se você publicar informações sobre o processo que está sendo chamado, o que ele está fazendo e por que outras pessoas poderão ajudá-lo a identificar a melhor maneira de conseguir isso. Por exemplo, você pode configurar um monitor que execute a tarefa chrooted sempre que o conteúdo de um diretório for alterado ou um serviço da Web local que o Tomcat possa chamar para executar o processo.