Você não precisa se preocupar com o alinhamento do cilindro em um disco rígido moderno (pós-1998, aproximadamente). Os valores de C / H / S não têm nada a ver com a geometria real da unidade. Seu BIOS está escolhendo e relatando alguns valores fictícios convenientes para compatibilidade com versões anteriores. (Você pode ser capaz de alterar esses valores através de uma configuração CMOS, no momento da inicialização também.)
A menos que você esteja usando um sistema operacional da década de 1990 ou algo ainda mais antigo (por exemplo, MS-DOS), os valores de C / H / S relatados pelo BIOS são basicamente irrelevantes. As variantes modernas do Linux e do Windows usam o LBA (endereçamento de bloco lógico) para E / S de disco, de modo que tratam setores de disco, diretamente, como números de setor. As operações e o desempenho do disco serão exatamente os mesmos, independentemente dos valores C / H / S em relação aos limites da partição.
O utilitário 'fdisk' pode reclamar, mas você pode ignorá-lo com segurança.