Você tem duas preocupações ortogonais.
re: naming - nunca nomeei um nome de domínio do Active Directory após o domínio de segundo nível (por exemplo, "OurDomainName.com"). Este tem sido o assunto de discussão religiosa aqui, sobre o qual você pode se preparar em:
- O site e o domínio do Active Directory compartilham o mesmo nome
- Problemas ao usar o domínio real para o domínio do Active Directory?
- Escolhendo local versus nome de domínio público para o Active Directory
Eu não usaria ".local" (mesmo que a Microsoft tenha - ".local" tem "bagagem" associada a ele por causa do protocolo ZeroConf).
Pessoalmente, uso a convenção "ad.domain.com". Supondo que você delegue o DNS para o subdomínio "anúncio" em um servidor DNS em execução nos seus DCs, você pode coexistir seu namespace do AD com seu namespace DNS voltado para o público sem problemas.
re: security - Você pode querer considerar o uso de uma política IPSEC em seus DCs, se não em todos os computadores membros do seu domínio, para autenticar e criptografar as comunicações entre seus computadores clientes e seus DCs. A adesão ao domínio, inicialmente, será um pouco difícil, mas certamente não impossível. Se seus clientes forem baseados no Windows 7, você provavelmente poderá aproveitar o novo Junção de domínio offline functionaltiy para tornar isso ainda mais fácil.