Verifique qual clocksource você está usando:
$ cat /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/current_clocksource
Verifique quais estão disponíveis:
$ cat /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/available_clocksource
Se você tiver uma entrada "kvm-clock" em "available_clocksource", tente usá-la definição do parâmetro do kernel:
clocksource=kvm-clock
Muito bom documento aqui (geral) porque é tão complicado acertar o relógio.