Seis anos após essa pergunta ser feita, tive que copiar uma tabela MYISAM de 80 milhões de linhas para um banco de dados de backup (ela estava usando 80% do espaço em disco de todo o nosso banco de dados).
Eu peguei os arquivos .MYI, .MYD e .FRM do backup noturno e os copiei para a pasta de um novo banco de dados em execução. O information_schema foi atualizado quase imediatamente e todas as operações da tabela funcionaram como esperado (ou seja, os índices e o material estavam corretos). Vou executar CHECK TABLE e OPTIMIZE TABLE neles antes de enviá-los para uma aposentadoria tranquila, mas esse método de backup foi indolor.