Os mecanismos de texto completo no SQL 2000 e no SQL 2008 são totalmente diferentes.
No SQL 2000, quando você envia uma consulta de texto completo ao banco de dados, ele pesquisa todo o índice de texto completo e retorna todas as linhas correspondentes à consulta de texto completo e as filtra contra as linhas retornadas por sua consulta usando o filtragem normal que você forneceu como filtros de tabela.
No SQL 2008, os filtros de tabela são aplicados primeiro, depois esses rowIds são enviados para a pesquisa de texto completo e a pesquisa de texto completo é executada nas linhas que correspondem à pesquisa de tabela.
Você pode precisar reescrever sua consulta para melhorar o desempenho da consulta na versão diferente.
Também no SQL 2008, o índice de texto completo é armazenado em um arquivo de dados SQL e a pesquisa é executada pelo SQL Server Engine. No SQL Server 2000, o índice de texto completo é armazenado fora dos arquivos do banco de dados e a pesquisa do índice é processada pelo servidor de indexação.