O Chroot no linux não é para segurança, se você tem root, ou monta abilites dentro de um chroot é fácil sair.
Você deve, obviamente, abandonar o root usando su ou similar, desde que o script não tenha permissões para modificar os arquivos do interpretador, não deve haver um problema.
Para fazer isso, você precisa adicionar um pedaço maior de código em uma cópia do su e os bits principais do PAM.
Algo como jailkit pode ser uma maneira mais fácil de gerenciar isso: