Parece que o ipmitool é disponível para o FreeBSD. A execução de ipmitool chassis identify deve acionar a luz de identificação por 15 segundos. Se você estiver executando localmente na caixa, acredito que o comando completo será ipmitool -I open chassis identify .
De man ipmitool :
identify <interval>
Control the front panel identify light. Default is 15.
Use 0 to turn off.
EDITAR:
Pesquisas adicionais indicam que você provavelmente não deseja que a opção -I open seja necessária para executar kldload ipmi para carregar o módulo do kernel.