.ecryptfs é uma pasta especial em que o sistema armazena os dados criptografados da pasta base.
Esses dados são montados no diretório pessoal de cada usuário, para que você possa vê-lo descriptografado e usá-lo confortavelmente. Como você é o único usuário em seu sistema, você vê que a pasta tem o mesmo tamanho de sua pasta pessoal.
O processo de montagem é o que faz parecer duplicado. Leia mais aqui:
Felicidades!