A resposta é que, quando se trata de arquivos de configuração, o usuário do pacote destina-se a resolver a limpeza do próprio arquivo.
Não tenho certeza sobre os detalhes de uma perspectiva de política de empacotamento do Debian, mas se você precisar remover, realocar ou modificar um arquivo de configuração em uma atualização, poderá manipulá-lo em um dos vários scripts de gancho de pré-inicialização / postinst. Eu sei que tenho visto isso feito até certo ponto pacotes existentes.
Aqui está um exemplo do script grub postinst /var/lib/dpkg/info/grub-common.postinst
. A chamada para o dpkg-maintscript-helper rm_conffile removerá a configuração sob certas condições.
#!/bin/sh
set -e
# Automatically added by dh_installdeb
dpkg-maintscript-helper rm_conffile /etc/grub.d/10_freebsd 2.00-14~ -- "$@"
# End automatically added section
# Automatically added by dh_installdeb
dpkg-maintscript-helper rm_conffile /etc/grub.d/10_hurd 2.00-14~ -- "$@"
# End automatically added section