Ext3 é um sistema de arquivos muito bom para todos os fins, adequado para a grande maioria das coisas que você pode usar um servidor Linux. Tem apenas algumas peculiaridades de desempenho conhecidas, a principal delas é excluir dezenas de milhares de arquivos com pressa. Também não é recomendado para armazenar muitos arquivos muito grandes, como vídeo em movimento, como usado em um sistema DVR, ou muitos arquivos muito pequenos (dezenas de milhares) em um único diretório.
Alternativas que lidam melhor com esses extremos são XFS e JFS, mas se você não precisar de nenhum desses três cenários, o ext3 ficará bem. (ReiserFS também lida com o problema de muitos arquivos pequenos e excluir muitos arquivos ao mesmo tempo problema muito bem, mas não manipula muitos arquivos enormes tudo isso de forma robusta.)
E se você estiver fazendo atividades pesadas em disco onde a velocidade do sistema de arquivos vai importar, então o EC2 será um problema maior do que o sistema de arquivos.