Do Rota 53 documentação sobre valores de registro :
CNAME — Canonical name
The fully qualified domain name (for example, www.example.com) that you want Amazon Route 53 to return in response to DNS queries for this resource record set. A trailing dot is optional; Amazon Route 53 assumes that the domain name is fully qualified. This means that Amazon Route 53 treats www.example.com (without a trailing dot) and www.example.com. (with a trailing dot) as identical.
No entanto, mesmo se você estivesse lidando com uma interface de administração que não é tão claramente documentada, você poderia tentar e ver como os valores são usados antes de fazer as alterações reais (obviamente fazendo o teste bem separado de qualquer coisa usada para Produção).