O módulo mod_status no Apache mostrará a você qual virtualhost / solicita um processo específico está lidando, mas isso só será útil se as solicitações forem de longa duração. Adicionar tempo de execução ( %D ) ao seu Apache LogFormat também é útil.
Mais importante é rastrear o gargalo. Para isso você precisa investigar iostat e vmstat (geralmente instalados por padrão) e uma adorável ferramenta nova que combina os dois e adiciona ainda mais coisas, dstat .