Não importa se a instalação do Windows é de 32 ou 64 bits, pois ela não depende do Windows. Não fique confuso com a palavra amd em amd64 , é apenas um nome de marketing que se refere à mesma arquitetura: 64 bits (bem, posso não estar totalmente tecnicamente correto aqui, mas você pode esperar um amd64 Imagem do Ubuntu para rodar em máquinas Intel). i386 é usado para material de 32 bits. Se o Wubi detectar que você tem um processador com capacidade para 64 bits, ele baixará a versão de 64 bits.
Se você realmente quer forçar a instalação de uma imagem de 32 bits, veja Como eu forço o Wubi a baixar e instalar 32 bits? versão?