para ser completamente seguro, execute da seguinte forma:
svnadmin dump /your/repo| svndumpfilter exclude path | svnadmin load /new/repo
faça um backup do repositório antigo e, quando tiver certeza de que está tudo bem, basta trocá-lo por um novo.
mais sobre o svndumpfilter aqui ; palavras-chave para o google: svn obliterate - talvez algum dia seja implementado. .