As alterações nas regras de transporte entram em vigor após cerca de 15 minutos da minha experiência.
No Azure AD, o processo chamado Redirecionar sincronização é usado para enviar atualizações para objetos em toda a infraestrutura. Eu não sei se regras de transporte são objetos que usam esse mecanismo ou se é um processo separado do Exchange.
No O365, isso realmente dependerá do tamanho e da distribuição da organização em todos os datacenters da Microsoft. Eu tenho mais de 10.000 usuários no O365 Shared, então as coisas demoram um pouco.
Especificamente, os artigos da Technet para o Exchange Online e o Exchange 2013 são diferentes. A ajuda do Exchange 2013 explica que o tempo de replicação das regras de transporte depende da replicação do Active Directory. Só posso esperar / assumir que o Exchange Online usa a solução do Azure AD, mas não há nenhuma menção a ela no Ajuda do Exchange Online .