Os limites que você está alterando afetam apenas os usuários conectados à medida que são implementados pelo PAM como parte do processo de login. Eles não têm nenhum efeito nos processos iniciados de outras formas, como por systemd ou init diretamente.
Se você quiser alterar o limite de processos que são iniciados por algo diferente de um usuário que faz login, é necessário fazer isso no próprio processo. Os processos que possuem permissões de root podem alterar seus limites da maneira que quiserem.
# cat /proc/self/limits | grep -i open
Max open files 1024 1024 files
# ulimit -Hn 8192
# ulimit -n 8192
# cat /proc/self/limits | grep -i open
Max open files 8192 8192 files
# ulimit -Hn 65536
# ulimit -n 65536
# cat /proc/self/limits | grep -i open
Max open files 65536 65536 files