Eu tive o mesmo problema há algum tempo em um sistema do Squid.
Uma das formas mais eficazes que encontrei para reduzir o tamanho do conntrack foi reduzir o tempo limite padrão do TCP no kernel.
Por padrão, o net.netfilter.nf_conntrack_tcp_timeout_established
está definido como 432000. É isso mesmo ... são 5 dias.
Para definir o valor, você pode emitir o seguinte comando:
sysctl -w net.netfilter.nf_conntrack_tcp_timeout_established=X
E se você quiser que a alteração seja persistente, adicione a linha a /etc/sysctl.conf
.
Depois de reduzir esse valor para 600, a contagem de conntrack foi diminuindo gradualmente ao longo de alguns dias.
Não sei como você verificou as configurações de contagem e máx. da tabela conntrack, mas usei sysctl netfilter.nf_conntrack_max
e sysctl net.netfilter.nf_conntrack_count
para obter os valores.