Não há diferença.
O segundo termina em um ponto. Usando esse método, o registro PTR é definido explicitamente sem levar em consideração o contexto da zona em que o registro está residindo. Ou melhor, o ponto suprime a zona de ser anexada no final.
O primeiro caso está faltando o ponto no final, de modo que a zona na qual o registro está definido é automaticamente adicionada ao final para completá-lo integralmente (a zona no seu caso é 0.0.0.0.3.0.0.0.0 .a.4.f.7.0.6.2.ip6.arpa).
É tudo sobre esse ponto.
Efetivamente, os dois métodos avaliam o mesmo registro PTR. O primeiro método é preferido, pois economiza espaço e, se você mudar para um prefixo / 64 diferente, tudo o que você precisa fazer é alterar a zona em que esses registros PTR vivem e o lote inteiro é atualizado - não é necessário alterar o / 64 prefixo em cada registro PTR único no arquivo de zona.