Como a execução do sa-update no log do pastebin foi bem-sucedida, acho que você está executando como root.
Provavelmente seus diretórios /var/lib/spamassassin/
e /etc/spamassassin
e os arquivos internos não possuem as permissões corretas. Tente chown-lo como o usuário sa-update destina-se a ser executado no cronjob (para o Ubuntu seu debian-spamd:debian-spamd
= > sudo chown -R debian-spamd:debian-spamd /etc/spamassassin /var/lib/spamassassin
).