A execução de verificações de tabela bloqueia implicitamente a tabela (equivalente à execução de 'LOCK TABLES') para evitar problemas de simultaneidade. O mecanismo de log é um tipo de tabela (assim como myisam e innodb) que foi introduzido no 5.1, que não precisa - e, portanto, não suporta - o bloqueio. O log lento e o log geral usam o mecanismo por padrão. A mensagem que você está vendo é inofensiva. O problema ligado também diz que os usuários podem ignorar a mensagem enganosa e que a mensagem será removida em uma versão futura.
Para referência:
Bug reportado sobre este problema