Descobrimos que o problema tinha a ver com a propriedade do arquivo. Por padrão, o arquivo é de propriedade de TrustedInstaller. Como eu tinha definido todas as permissões para Negar para todos, a única pessoa que poderia alterar as permissões no arquivo era TrustedInstaller.
A solução no final foi modificar o objeto de Diretiva de Grupo para também alterar o proprietário do arquivo para Administradores de Domínio E também remover a permissão Negar do GPO. Não é necessário adicionar explicitamente uma permissão de permissão ao GPO.