Não tenho certeza se você encontrará uma solução melhor do que montar o compartilhamento do Windows e executar o rsync. O problema é que todos os arquivos estão sendo re-transferidos toda vez?
Com as opções de rsync corretas, que devem apenas transferir novamente os arquivos que foram alterados e excluir todos os arquivos do backup que não estejam mais na origem.
O Maildir não requer o bloqueio de arquivos para leitura, portanto, o rsync não precisa se preocupar com o bloqueio dos arquivos de origem.