Primeiro de tudo, você deve executar a instalação do sistema operacional usando o ISO mais recente disponível no MSDN ou VL; ele já inclui vários pacotes cumulativos de atualizações (alguns dos quais são bem grandes) e economizará muito tempo de atualização e vários ciclos de check-update-reboot-recheck.
Em seguida, instale a última versão do .NET framework (atualmente 4.5.2 ) : inclui também várias atualizações para as versões anteriores, assim você também economiza tempo de atualização aqui.
Por fim, faça uma verificação completa do Windows Update e instale tudo (inclusive as atualizações opcionais; não sei como a Microsoft está classificando-as recentemente, mas parece que várias delas incluem correções reais de SO (!!!)).
Além disso, não relacionado ao Windows, mas importante mesmo assim: depois que o sistema operacional estiver instalado e funcionando, instale os drivers e firmware mais recentes do fornecedor de hardware do (s) seu (s) servidor (es); isso é especialmente importante para dispositivos de rede e armazenamento . Além disso, certifique-se de atualizar o BIOS do servidor e ativar o suporte de virtualização de hardware.
Sobre os hotfixes não-WU: você deve instalá-los somente se tiver problemas específicos que foram corrigidos por eles; existe uma razão pela qual eles não são liberados pelo Windows Update e só estão disponíveis para download manual.
Este conselho também se aplica a todas as instalações do Windows Server, não apenas para hosts Hyper-V; Basta instalar a partir do ISO mais recente e, em seguida, atualizar tudo o que a Microsoft está lhe dizendo para atualizar. Para servidores físicos, preste atenção especial a drivers e firmware, que geralmente são a principal fonte de problemas para sistemas Windows.