O único problema que você terá é que, se você apagar a partição errada, você não poderá inicializar até que você reinstale o grub. O Grub será instalado automaticamente se você simplesmente reinstalar o Ubuntu.
Como você afirma que não tem qualquer razão para não fazê-lo, eu colocaria o CD do desktop do Ubuntu, excluiria as partições do Ubuntu e o instalaria no espaço livre resultante.
Se você não deseja reinstalar, inicialize o CD da área de trabalho, use gparted para excluir uma das partições do ubuntu e redimensione a partição restante para ocupar o espaço livre. Você pode precisar reinstalar o grub.
Até você para decidir qual é mais fácil.