Em geral, você não precisa definir esses parâmetros porque eles dificilmente são compilados no mysql compilado como a porta do FreeBSD. Você precisa alterar os parâmetros responsáveis pelas músicas do mecanismo de banco de dados.
Aqui está minha configuração, por exemplo
[client]
port = *****
[mysqld]
port = *****
skip-external-locking
key_buffer_size = 128M
max_allowed_packet = 1M
table_open_cache = 512
join_buffer_size = 2M
sort_buffer_size = 2M
read_buffer_size = 2M
read_rnd_buffer_size = 8M
myisam_sort_buffer_size = 32M
query_cache_limit = 2M
query_cache_size = 32M
thread_cache_size = 4
thread_concurrency = 8
event-scheduler = ON
server-id = 1
[mysqldump]
quick
max_allowed_packet = 16M
[mysql]
no-auto-rehash
[myisamchk]
key_buffer_size = 128M
sort_buffer_size = 128M
read_buffer = 2M
write_buffer = 2M
[mysqlhotcopy]
interactive-timeout
Tudo o que eu mudei foi o tcp-port para evitar que o h4xor estúpido batesse no padrão 3306