Você pode ativá-lo mais tarde, mas ativá-lo não converterá magicamente sua partição raiz em um volume LVM. Se você instalar no LVM, você terá o LVM controlando as partições do SO, bem como qualquer coisa que você adicione depois; se você não fizer isso, apenas as coisas que você adicionar mais tarde serão LVMs.
O mesmo se aplica ao RAID - se você quer que o SO viva no RAID, é muito mais fácil de configurar no momento da instalação (por mais atraente que seja a questão ligada, eles não são duas perguntas diferentes; pelo menos, eles poderiam ser facilmente manipulados no mesmo post).
Ter o SO no RAID-1 é óbvio para mim; Não sei por que alguém não faria isso, comparando o custo dos discos rígidos com o custo dos administradores e o tempo de inatividade quando uma unidade falha. Note que o RAID-1, apesar de excelente, é não um substituto para backups.
Quanto a saber se ter o SO no LVM é a coisa certa a fazer, é mais uma questão de julgamento / questão de opinião. Meu sentimento pessoal é que, se a máquina for estável após a instalação - é uma máquina de ignorar e esquecer, onde você nunca mais vai querer redimensionar um disco ou reparticionar qualquer um dos volumes - então não faz sentido adicionado complexidade do LVM. Se, no entanto, esta máquina tiver uma vida útil mais interessante, então o LVM pode ter uma ajuda muito muito significativa ao redimensionar / mover / adicionar unidades posteriormente.