/usr/share/app-install/icons contém ícones para aplicativos instalados. ( /usr/share/app-install/desktop/ contém .desktop arquivos para aplicativos)
/usr/share/icons são para temas.
/usr/share/pixmaps são para (gnome? (e kde?)) aplicativos específicos.
3 coisas diferentes que cada um tem seu próprio uso e, portanto, cada um pode ter sua própria imagem. Se você fizer uma sugestão sobre, por exemplo, lista de discussão de brainstorm ou ayatana (?), Alguém pode estar inclinado a pensar em fundi-las.
Eu mesmo eu gosto quando as coisas são colocadas em seu próprio diretório e são todas parte do /usr/share/ ;)
Talvez eles sejam juntos algum dia:)