Divulgação completa aqui, sou co-autor e mantenedor do ecryptfs-migrate-home utilitário.
Observe que o multiplicador de 2.5x é talvez uma superestimativa agressiva do espaço em disco necessário, mas publiquei essa recomendação como uma precaução de segurança
Para responder à sua pergunta, sim, é possível, embora talvez um pouco arriscado e geralmente não recomendado .
Você pode fazer isso editando o script de shell /usr/bin/ecryptfs-migrate-home
e modificar a linha que se parece com isso:
rsync -aP "$orig/" "$USER_HOME/" 1>&2
para:
mv -vf "$orig/"* "$orig/".* "$USER_HOME/" 1>&2
Isso moverá os arquivos para o lugar, em vez de copiá-los.