Não faça isso se você estiver usando arquivos de caixa de correio. Se você estivesse usando o Maildir, poderia fazer pelo menos parte do trabalho sem desligar os serviços.
Todos os emails entregues e todos os acessos IMAP alterarão os arquivos da Caixa de Correio. Você pode acabar com arquivos corrompidos.
O melhor que você pode fazer é desligar o IMAP e a entrega local, enquanto ainda permite que o postfix enfileire as mensagens de entrada. Então, quando a mudança estiver concluída, ligue novamente a entrega local e todos os e-mails enfileirados serão entregues.