Vou começar com uma suposição: estou supondo, com base em seus pontos, que você criou objetos Site e Sub-rede no Active Directory (AD) que representam suas localizações físicas e sub-redes. Se você não tem essa é a coisa primeiro que você precisa fazer.
Você realmente deve permitir que o AD crie conexões de replicação automaticamente. Eu entendo por que você está superando isso, mas felizmente a Microsoft já explicou o cenário que você tem. Fazer uma alteração de configuração deve fazer com que funcione corretamente com conexões geradas automaticamente.
Por padrão, o AD pressupõe conectividade de rede transitiva em toda a sua empresa. Ou seja, considera que as ligações entre sites são "interligadas".
Sua situação, no entanto, faz com que essa suposição seja inválida. Desativar a opção "Conectar todos os links de sites" fará com que o AD criar uma topologia de replicação que pressuponha conectividade de rede apenas entre sites diretamente adjacentes.
Se tiver paciência, você pode fazer essa alteração no site "hub" e aguardar que o AD replique a alteração. Você também pode forçar a replicação. Depois que as cópias do AD nos outros sites receberem a alteração, você poderá excluir os objetos de conexão criados manualmente e forçar o Verificador de Consistência de Conhecimento (KCC) para recalcular a topologia de replicação (com a função "Verificar Topologia de Replicação"). Você deve ver o AD criar automaticamente uma topologia de replicação que atenda aos seus requisitos.
Se você acabar com a conectividade de rede transitiva parcial em sua rede, poderá usar sempre o " Site Link Bridge " funcionalidade para informar AD desta transitividade parcial. Se você continuar a ter conectividade intransitiva, no entanto, não precisa se preocupar com isso.
Para responder à sua segunda pergunta:
As conexões de replicação são unidirecionais. Se você continuar a criá-los manualmente, precisará ter certeza de que tem uma conexão de replicação para cada partição do diretório "apontada" em ambas as direções de cada site.
Eu acho que você deveria tentar trabalhar com geração de topologia automática. Você ficará satisfeito com isso assim que estiver funcionando corretamente.