É possível com a Diretiva de Grupo. Essas pastas são Known Folders
e você pode desativá-las por meio da Diretiva de Grupo. Leia estes links:
Então você vai configurar o GPO com o GUID do KnownFolder que deseja desabilitar.
Eu faço exatamente isso em um farm RDS que eu gerencio para um dos meus clientes.