O que você postou está correto supondo que o extension_dir esteja correto. Parece que a extensão PDO não está compilada no seu servidor. O PDO precisa ser ativado no easyapache e parece que sua conta de revendedor não tem acesso à easyapache. Por causa disso, você precisará fazer com que o administrador do servidor faça as seguintes alterações no easyapache.
Goto WHM »Software »EasyApache (Apache Update)
Select "Previously Saved Config (** DEFAULT **)" and click "Start customizing based on profile"
On the "Apache Version" page click "Next"
On the "PHP Version" page click "Next"
On the "Short Options List" page click"Exhaustive Options List"
On the "Exhaustive Options List" ensure that PDO, PDO sqlite and PDO MySQL are selected.
Then Click Build on the bottom of the page.
Assim que o easyapache for concluído, você deverá ter o PDO:)