É por isso que você deve ter um servidor de backup. Ou em menos um ambiente de teste que pode fingir ser um servidor em um aperto.
- Atualize o servidor de backup.
- TESTE do servidor de backup.
- Faça o failover para o servidor de backup.
- Atualize o servidor principal.
- TESTE do servidor principal.
- Falha ao voltar para o servidor principal.
Quanto a apt-get update
mexer com outras coisas, não deve ser um problema, mas se você estiver em um servidor de baixa potência (por exemplo, instância de micro VM) pode executar carga de CPU e uso de memória que poderia desacelerar outros programas.