Temos um problema semelhante devido aos buckets do S3 que a pilha do CF criada não pôde ser excluída se não estiver vazia.
Nossa solução / hack até agora é ter um script bash chamando a API da AWS usando aws-cli para iterar embora todos os S3 baldes e excluir o conteúdo dentro primeiro, em seguida, chamar o aws cloudformation delete-stack
.
Para o seu problema, você pode fazer o mesmo, basta desanexar os volumes ebs em sua instância do Mongo antes de excluir a pilha.