EDIT: como outro apontado, veja SNI
Como explicado Aqui , um servidor que está sendo contatado via https não pode adivinhar antes de enviar seu certificado que nome de domínio o cliente deseja falar com.
Se http://exampleone.com
for servido por https, significa que a primeira coisa que um visitante obterá desse servidor será "Oi, meu certificado é válido para o nome link ", mesmo se você quiser http://exampletwo.com
.
Assim, você não pode desativar https para http://exampletwo.com
, nem configurar um redirecionamento ou o que não levaria a um aviso para o visitante.
Para resolver sua preocupação, você precisa de dois endereços IP diferentes para veicular seus dois nomes de domínio.