Aqui está o que funciona para mim para personalizar um liveCD 12.04.1:
echo "[com.canonical.Unity.Launcher]
favorites=['nautilus-home.desktop', 'firefox.desktop', 'ubuntu-software-center.desktop', 'otherapp1.desktop', 'otherapp2.desktop']" > /usr/share/glib-2.0/schemas/10_local-unity-launcher.gschema.override
glib-compile-schemas /usr/share/glib-2.0/schemas/
(tudo em chroot)