Você tem muitas perguntas, espero que todas sejam respondidas de uma só vez.
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Sim, você estará convertendo a matriz RAID em um disco virtual. Qualquer tipo de disco em que você colocar o novo disco virtual determinará o desempenho.
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Não. Você pode executar o SQL Server em uma máquina virtual sem problemas.
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Provavelmente não. Você desejará usar qualquer conversor que esteja disponível para a plataforma na qual você está movendo o servidor virtual.
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Não. As licenças serão muito bem.
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Não, a plataforma virtual não estará falsificando chipsets específicos ou hardware específico. Todo o hardware será alterado para o novo material. Você precisará instalar drivers (o VMware Tools) para obter todos os drivers necessários instalados e funcionando.
O bom de fazer uma migração P2V (física para virtual) como essa é que a reversão, se houver um problema, é realmente fácil. Basta desligar a máquina virtual e ligar o servidor físico.
Agora, tudo o que foi dito, espero que você não esteja planejando virtualizar esse servidor para um Mac Mini. Isso provavelmente não terá potência suficiente para rodar o servidor nos níveis atuais, e com certeza não terá disco rígido rápido o suficiente para oferecer o desempenho que você está procurando. Você desejará uma plataforma de virtualização mais estilo de servidor para executar o servidor, como o Hyper-V 3.0 ou o vSphere 5.1.